Chiều 2/4/2018, Phó tổng Thanh tra Chính phủ Đặng Công Huẩn đã công bố quyết kết luận thanh tra việc chấp hành pháp luật trong quy hoạch, quản lý, sử dụng đất đai, khoáng sản, môi trường ở tỉnh Kiên Giang (giai đoạn 2011 - 2017) đã gây thất thoát hơn 2.300 tỷ đồng.[9] Với sai phạm này, Nguyễn Thanh Nghị cùng 7 lãnh đạo tỉnh Kiên Giang đã tiến hành kiểm điểm, và cùng xin chịu hình thức kỷ luật rút kinh nghiệm.[10]